MRI.COMのモジュールは、独立のサービスルーチンからモデル全体制御まで、7つの階層構造を持って構成されている。
数字が大きいほど高位である。概念図はMRI.COM Module Map(ver.4.7.12)参照。(Illustratorファイル)
各モジュールは下位のモジュールのみをuseする。循環参照を避けるため、同じ階層のモジュールもuseしない(サブパッケージの階層を除く)。