| linkdir/ | データ・ディレクトリへのリンクを置く |
| exp/MRICOM/ | MRI.COMのソースコード |
| exp/config_files/ | コンパイルに使用する設定ファイル |
| exp/data/ | モデル入力ファイルへのリンク |
| exp/src/ | コンパイル用ディレクトリ |
| exp/run/ | 実行用ディレクトリ |
| exp/test-system/ | 統合テスト(MRI.COM開発用) |
| exp/test-unit/ | 単体テスト(MRI.COM開発用) |
| setting/ | MXE用設定ファイル |
| lib/ | MXEライブラリ。makeでコンパイルする。 |
| prep/rectangle/ | 前処理(地形、初期値、風応力など作成) |
| prep/rectangle/sub/ | 前処理(ネスト子モデル) |
| prep/force/ | 前処理(海面気圧作成など) |
| prep/nest/ | ネスティングのための前処理(地形など必要なファイルの作成) |
| grads/ | 結果を表示するgradsスクリプトのサンプル |
各ディレクトリのシェル・スクリプト等については、README.md (またはREADME.rectangle) を参照。