MRI.COM リリース・ノート

MRI.COMでは2つのバージョンが開発されています。

• ver.4.[偶数]　安定版：一般的なユーザー、外部提供用
• ver.4.[奇数]　開発版：次期安定版のβ

更新の詳細はMRI.COMソースコード内のChangeLogを参照してください。

4.5.14以降のリリースノートは GitHub ページ (登録者のみ閲覧可能)に移行しました。

• なし

• なし

• OpenMP指示行の追加

なし

• 海氷モデルに熱収支、海面フラックスのモニターを追加しました
• ES3用のチューニング・オプション「ES3」を追加しました
  • 現在、JAMSTEC佐々木氏によるMPI関連のチューニングが行われます

• なし

• 新しい時間積分スキーム(l_passive_trc_forward_Euler)にオンライン・ネスティングの一部対応
• tide killer出力のバグ修正

• sigma-t 基準による混合層深度モニターのバグを修正
• Cray Fortran の高速化オプションに対応
• pointer 仮引数の intent 属性付与を F2003 オプション時のみに修正

• なし

• なし

• 時間差分を leapfrog + Matsuno スキームから leapfrog-Adams-Moulton法 (LFAM3) へ変更するための準備
• 緯度経度指定の時系列モニタの修正

• 不定値参照の修正2件

• なし

• 海氷ヒストリー出力を指定する旧形式 namelist が一部削除されました
• STABLERUN + ICE オプション時に、ゼロ割を回避する追加の操作を加えました
  • 両オプション併用時に結果が変わる場合があります

• 不定値参照の修正
• 緯度経度指定の時系列モニタの修正
• リファクタリング

なし

• 等密度面解析において密度面の中間の値を出力するヒストリー項目を追加しました

なし

• 不定値参照の修正
• 時間差分の変更に向けたリファクタリング、準備

なし

• ppm スキームによるトレーサー輸送のモニターが追加されました

なし

• 結合モデル時にコンパイルできない問題を修正

• コンパイル失敗、ヒストリー出力など軽微なバグ修正2件
• 結合モデルの海面CO2フラックス交換における符号反転の修正
  • いずれも結果は変わりません

• パッシヴ・トレーサーの時間発展においてleap frogの偶数時をスキップするオプションが追加されました
  • 結果はスキップしない場合と同じになるはずです。計算時間が短縮されます
• SOM のリスタート I/O が MPI-IO に対応しました
  • 利用するにはnamelistの変更が必要です
• NetCDF 形式での倍精度出力が可能になりました
• 以下のモニターが追加されました
  • SOM フラックスリミッターの発生頻度
  • ポテンシャル密度
  • Spiciness

• SOMリスタートファイルに新しい命名法が追加されました
  • 既存のファイルをリネームする場合は tools/ver46to47/ を使って下さい
  • 従来の指定方法も ver.4.6 までは維持されます
• nml_restart(ver.4.5.06 で導入), nml_history において、一部のパッシヴ・トレーサーの名前が一貫性を持つように変更されました
  • Dissolved Inorganic Carbon → DIC
  • Alkalinity → Total Alkalinity
  • Particle Organic Nutrient → PON
  • Dissolved Organic Nutrient → DON
  • Fe → Iron
  • 従来の名前も ver.4.6 までは維持されます
• nml_restart の “Global Mean Density and Pressure” が必須になりました (旧namelist形式ではnmlrs_density)
• ヒストリー出力を指定する旧形式 namelist が一部削除されました
  • docs/README_Monitor.md を参考に新方式に変更してください

• デバッグ用の内部サブルーチンの追加
• リファクタリング

• コンパイル失敗など軽微なバグ修正2件
  • 結果は変わりません

• リスタートファイルを指定する namelist がヒストリーと同じ形式に変更されました
  • docs/README_Restart.md を参考に変更する必要があります
  • 従来の指定方法も ver.4.6 までは維持されます
• ヒストリー出力を指定する旧形式 namelist が一部削除されました
  • docs/README_Monitor.md を参考に新方式に変更してください
• デバッグモードの拡充

• リファクタリング
• コンパイル失敗などバグ修正4件

• 不定値参照など軽微なバグ修正5件
  • 結果は変わりません
  • nmlhs_cnvajs_s の出力は間違っていました

• デトリタスの沈降制限のファクターを2次元で指定できるようになりました (ver.4.4から)
• オフライントレーサーモデルに機能を追加しました
  • ageやcfcの読み込みが可能になりました
  • 開始時の時間補間の重みを namelist で変更できるようになりました
  • 駆動に必要な出力がヒストリー新形式に対応しました
• 気象庁 Cray XC50 のコンパイル設定を加えました

• 双方向ネスティング子モデルのスポンジ領域における拡散係数の補間の変更
  • 双方向ネスティングで flg_sponge_sub = .true. の場合に結果が変わります

• リファクタリング、高速化
• バグ修正

• 軽微なバグ修正3件
  • 短波放射透過フラックスのモニター出力が僅かに変わります

• 海面流速ベクトルを海面境界条件データとして読み込む機能が追加されました
  • この機能を使うことで、相対風速の風強制データを絶対風速として利用できます
• ヒストリー出力に機能を追加しました
  • 特定の期間だけ出力する
  • 地点時系列モニタを追加する
• オプション STABLERUN 時の海面塩分リストア設定を namelist で変更できるようになりました
• tide killerフィルター出力に対して時間平均をかけられるようになりました

• 長波放射はネットではなく下向き成分を与えるように変更
  • LWDOWNを使っていなかった場合はフォーシング・ファイルの変更が必要です
  • 使っていた場合はフォーシングを変更する必要はありませんが、コンパイル・オプションからLWDOWNを削除して下さい
• 安定性向上のために海氷厚に下限値を設定しました
  • ICE使用時に結果が僅かに変わる場合があります

• リファクタリング
• バグ修正1件

• 軽微なバグ修正2件

• 海氷のリッジングに関するパラメータ shear dissipation ratio をnamelistで指定できるようになりました

• 海氷リッジングのスキームを安定性向上のために一部変更しました
  • ICE使用時に結果が僅かに変わる場合があります

• バグ修正3件

• バグ修正2件
  • NPZDモデルの結果が変わる場合があります

• オフライントレーサーモデルとして使用する場合に、 passive tracer を予報せずデータを読み込むオプション　NOTRACERPREDICT を加えました
  • OFLT, OFLT_ALL と組合せることで解析だけを行うことが可能です
• TIDEオプション時、tide killerフィルターをかけた水温・塩分を出力できるようになりました
• PPMスキーム＋双方向ネスティングの場合に通信節約オプションが可能になりました

• PPMスキームのアルゴリズムを GFDL-MOM に倣って変更
• PPMスキームのリミッターを Zalesak (1979) から Lin et al. (1994) に変更
  • PPM使用時に namelist の変更が必要です
• PGI コンパイラ利用時の標準オプションに -Kieee を追加する
  • 使用していた場合、結果が僅かに変わります

• 順圧モードの計算を高速化
  • 結果が僅かに変わります
• 海氷スキームのアルゴリズムの修正
  • ICE使用時に結果が僅かに変わります
• PPMスキーム等のバグ修正
  • PPM使用時に結果が変わります

• バグ修正2件 (結果は変わらない)

なし

• ベクトル機では OPTIONS に VECTOR を加えてください

• OpenMP, キャッシュチューニングによる高速化
• 気象研海洋サーバー「ogsv009」の実行環境を加えました
• リファクタリング
  • TRIPOLAR or JOT 使用時に結果が僅かに変わります

• 海氷強度Pの式について元論文の誤植を修正
  • 海氷使用時に結果が変わります
• 東端と北端の不要なデータ埋めの削除
  • ネスティング使用時に結果が僅かに変わります
• 海面応力のリミッターオプションのバグの修正
• CMIP6-SIMIP の出力仕様変更への対応

ver.4.5.00 も同じです。

• 結合モデル立ち上げ時の初期ショックを低減するために海洋モデルから大気へ海洋状態量の初期値を渡すことができるようになりました
• 大気モデルと結合時に人為起源・自然起源を分けてCO2フラックスを計算できるようになりました
• モニター出力に以下の機能を加えました
  • 熱力学に基づく diapycnal velocity
  • 等密度面解析の鉛直座標変換における不安定成層への対応

• FX100のデフォルトのコンパイル・オプションに openmp を加えました

• プログラム中の異常終了時処理の対応
• MPI-IOのエラー処理
• 未定義値参照を引き起こしうるコードの修正
• ムダな操作の削除、リファクタリング

• BBLなし、TRIPOLARまたはJOT、MPI2ありモデルで接続/継続が一致しない問題の修正
• 誤って単精度となっている定数を倍精度に修正

• abiotic 14C の計算が可能になりました
• 双方向ネスティング時の通信量を削減するオプションを加えました
• 安定実行のため海面運動量フラックスに対してlimitterをつけられるようになりました
• 異常終了時の状況を倍精度に加えて単精度でも出力するようにしました
• 結果がMPI分割によらないように設定を一括で変更するオプションを加えました
• モニターに以下の機能を加えました
  • ポテンシャル密度の時間変化項
  • 鉛直平均オプション
  • 3次元マスクを用いた領域積分・平均
  • 密度座標系におけるトレーサー時間変化項

• 大気海洋結合モデルでも海面水温のリストア指定が有効になるように変更しました
• OMIPのbiogeochemical 関係の出力を解説書に合わせて変更しました
• abiotic carbon の計算を CMIP 仕様に変更しました

• 双方向ネスティング時の海氷スキームのバグを修正
  • 海氷と双方向ネスティング併用時に結果が変わります
• gfortran で一部コンパイルできない問題を修正
• コンパイラによって警告される部分の修正
• ノンブロッキング通信と部分配列引数を併用している部分の修正
• 通信の削減、高速化、メモリ削減
• リファクタリング

• 不定値参照が起こりうる部分の修正
  • TIDE使用時に結果がわずかに変わります
  • BULKITERなしでBULKNCAR使用時に結果がわずかに変わります
• intent 属性の指定ミスの修正
• ヒストリー出力の「per_area」オプションの修正
• OFLTALL でない OFLT モデルで流速場等の更新がなされないバグの修正
• 密度座標での総水平体積輸送を単独でモニターできないバグの修正

• トレーサー及び運動量の鉛直移流の一部を陰解法で解くオプションを追加しました
• モニターを追加しました
  • steric height
  • フラックス調整を除いた総海面熱フラックス
  • 海氷上の降水

• オンライン・ネスティングにおける仕様を変更しました
  • 高速化のために NSFMRGN=2 固定とするように変更しました
  • 海氷モデルにおいて海氷温度の安定化処理を加えました
    • オンライン・ネスティングと海氷モデルの併用時に結果が変わります

• デバッグモードの拡充
• Makefile の依存関係の修正
• 高速化のためのリファクタリング

• 大気モデル結合時、海洋上風応力のやりとりにopen water fractionによる重みづけを行わないように変更
• 大気－海洋ネスト結合モデルが動作するための修正
• 不定値参照、通信、端グリッドの処理の修正
  • オンライン・ネスティング使用時、潮汐とBIHARMONICの併用時に結果がわずかに変わります

• 任意のT点変数が等密度面解析できるようになりました
• オフライン・ネスティング親モデル時の境界出力で層数を選べるようになりました

• デフォルトのマシン設定を変更しました
  • ES3, PGIFortran 13.1 以降のコンパイル設定
    • 一部の気象研海洋サーバーでは結果が変わります
  • PGIFortran と gfortran のデバッグ用オプションを整理
• 高速化のためx方向のSOMコードに対しSIMD化がかかるように変更
• frazil ice 生成に伴う温位時間変化項・海面熱フラックスモニターの仕様の変更
• オフライン・ネスティング親モデル境界出力の陸グリッドの値を変更

• オフライントレーサーモデルで入力変数の任意のサフィックス長に対応
• デバッグモードの修正と拡充
• 間隔1分以下のヒストリー出力についてgrads ctlの時間間隔を1MNとするように修正
• データ同化MOVE関連の修正

• 地球シミュレーター実行時のバグ修正
• 不定値参照のバグ修正
• gfortran でコンパイルできないバグの修正

なし。

• 気象研 PC クラスタのデフォルトマシン設定を変更
  • mri-pccl 使用の場合、結果が変わります
• FSEBオプションを削除

• オフライン・ネスティング子モデルのnamelistチェックが不十分だった問題を修正
• 粘性・拡散係数を2次元分布で与える場合、陸を負値としてもモデルを落とさないように変更
• デバッグ関連
  • 淡水収支チェックツール用で使うcsvファイルへの出力桁数を増やす
  • 実験失敗時に線形潮汐場のリスタートも出力するように変更
  • デバッグモードにGLSの乱流長さスケールのチェックも追加
  • デバッグ時のエラー検出ルーチンのデフォルトを極端に大きい値も検出するように変更
• その他リファクタリング

• 潮汐の天文引数の計算において単精度の定数を倍精度に変更
  • TIDEを使っていた場合に結果が変わります
• オフライン・ネスティングと仮想トレーサーを併用すると動作しない問題を修正
• 未割付けの配列を参照している部分を修正

• データ同化のためのインクリメント注入ルーチンを追加しました
• MPDATA移流スキームがネスティングに対応しました
• SCUPNEST時にMPDATA,SOM,PPMが混在可能になりました
• 地衡流と非地衡流成分を診断するモニターを追加しました (4.2から)

• PPM スキームのフラックスリミッターを変更しました
  • PPMフラックスリミッターを使っていた場合に結果が変わります
• nml_solarangle の指定を変更しました (4.2から)
  • SOLARANGLEオプション使用時にnamelistの変更が必要です
• 標準出力ログをmarkdown記法のように変更
• READMEファイルをmarkdown記法に変更

• 気象研 PC クラスタでの netCDF 利用環境の自動設定を追加
• オフライン・ネスティング時にnamelist設定のチェックを追加
• その他リファクタリング

• 淡水フラックス強制ファイルで nml_force_data の lfactor=F が効かない問題を修正
• 海面の地衡流の診断が間違っていた問題を修正
• CGCM_FLUX+SOLARNGLEのときにsurfflux.F90で使用する変数名が誤っていた問題を修正
• MPDATA時に配列の領域外参照をする問題を修正
• モニタリングの組み合わせによって配列の領域外参照が生じる問題を修正
• NPZDモデルで detritus の沈降で生じる不安定への対応策を追加
• 日立コンパイラが通らない問題を修正
• ES3での実行対応
  • ES3 Fortran 2003コンパイラに対応
  • サブルーチンの内部配列がゼロ初期化されていないことにより止まる問題を修正
  • 不要なモジュールの参照を削除

全てver.4.2から変更されます。

• MPDATA移流スキームを使えるようになりました
• 生物過程を考慮しないDICの予測計算が可能になりました
• 炭素関係の出力をヒストリー新形式に対応しました

• weight_upcurrent_vertのデフォルト値を1.0に変更しました
  • nml_tracer_adv を指定していないと結果が変わる場合があります
• 炭素循環の計算のシリケイトをWOA13の年平均から読み込むように変更しました

• SOM Morales Maqueda and Holloway (2008) method B のリミッターで undershoot が生じる場合がある問題を修正
  • SOMを使っていれば僅かに結果が変わります
• nml_force_data の名前「AtmosphericPCO2」を「AtmosphericxCO2」に修正
  • 使っていればnamelistの変更が必要です
• 等密度面拡散による水平トレーサー輸送モニターがBBLで間違っている問題を修正
• cyclic かつ xsplit でない場合にコンパイルできない問題を修正
• SOMとPPM以外の移流スキームを使いかつVVDIMPでない場合、BBLの計算が間違っていた問題を修正
• PO4を計算していない場合、NO3からRedfield ratio で決まる値とする

• 炭素関係の計算にmoscyパッケージ準拠のルーチンを選べるにようになりました (4.2から)
• モニター出力に以下の機能を加えました
  • 時間ステップ「開始」時と「中間」時で行う海氷密接度サンプリング (4.2から)
  • 「海氷面積輸送量」 (4.2から)
  • トレーサー水平拡散による東西・南北輸送量 (4.2から)
  • 積分と平均を計算する場合に和を厳密に計算するオプション

• 海氷のリスタートファイルに日付と時刻のサフィックスを常に付けるように変更しました
  • ICEオプションの場合、namelistやリスタートファイル名の変更が必要になる可能性があります
• 双方向ネストかつ親モデルにナッジングでフィードバックする場合も、file_upscaleを読むように変更しました
  • namelistの追加が必要になる場合があります

• リファクタリング(海氷モデルの時刻管理、ネスティング)
• 海氷モデルの標準ログ出力の整理
• デバッグモード時のチェック項目を追加
  • 海氷モデルの異常値チェック
  • ネスティングのremapファイルの整合性

• 大気－海洋結合モデル＋海洋1wayネスティング時に、海氷上フラックス調整を間違って行っていた
• 双方向ネスティング+複数子モデルの場合、親へのフィードバックに一部バグ
• Mellor and Yamada スキームの運動エネルギー海底境界条件を常にゼロになるように修正
• OCMIPのプロトコルに従いガス交換係数を更新しました
• モニター出力の変更
  • 海氷上の短波・長波フラックスについて上向きを正に変更しました

なし

なし

• ネスティング時にnodemapファイルの読み込みを失敗するとデッドロックになる問題を修正
• コードのリファクタリング

• トレーサー定常分布をもとに一様成層から始めると落ちる問題を修正
• モニター出力の修正
  • 積算オプションでマスクファイル、X/Y点に対応する
  • 11文字以上の単位を指定できるようにする
  • operator 'per_area' のW点対応と area_integral, sum_2d のバグ修正
  • 修正フラックス抜き総淡水フラックスに関する修正

ver.4.2.00 も同じです。

• 非等方粘性のテーパリングにおいて赤道での比率を任意の値に設定できるようになりました
• 淡水フラックス・風応力偏差を追加的に与えられるようになりました
• ネストモデルにおいて海氷熱エネルギーを保存する機能を加えました
• 底摩擦係数に2次元分布を使えるようになりました
• モニター出力に以下の機能を加えました
  • 2乗積分・平均、総和、単位面積あたり、単位体積あたり、海底2次元分布を出力するオプション
  • マスク配列を用いて領域積分・平均するオプション
  • 1変数と1次元配列について標準出力に表示させるオプション
  • 海底摩擦のモニタリング
  • 運動方程式テンデンシー、乱流混合パラメタリゼーション変数、トレーサー移流の新方式namelist
  • 海面地衡流速の診断計算
  • CMIP6対応(residual mean velocity)

• 海底摩擦をより正確な表現に変更しました
  • 結果が僅かに変わります
• 大気モデルと海洋ネストモデルの結合時に熱・淡水フラックスが保存するように調整しました
• ベクトル解析モニタリングの計算方法を一部変更しました

• 推奨されないオンライン・ネスティングのオプションを削除しました
• NetCDF出力の時間情報形式を変更しました
• ネスティングモデル実行時に動かなくなるバグを修正
• SR-16000でコンパイルできない問題を修正
• MPI-IO の引数指定の間違いを修正
• BBLあり、VVDIMPなしでコンパイルできない問題を修正
• 変数初期化、配列範囲外参照のバグを修正
• モニタリングのいくつかの項目のバグを修正
• メモリ使用量の低減
• 以下はオプションによっては結果が僅かに変わります
  • 大気熱フラックスにより海氷が融解する場合の余剰フラックスの処理を修正
  • SOM Merryfield and Holloway (2003) リミッター使用時の北端縫合部のミスを修正

• NEC SXで実行できない問題を修正
• 大気モデル結合時の海氷上熱フラックス調節に軽微なバグを修正
  • オプションによっては結果が僅かに変わります

• 海氷密接度下限値が namelist で指定できるようになりました
• モニター出力を加えました
  • CMIP6項目 (Table 2.12)
  • 海氷モデルのSIMIP用モニタリング

• 海氷モデルを使う場合は淡水フラックスオプション(WFLUX)が必須になりました
• トレーサー時間変化項のモニター出力を体積重み付きに変更しました
• 風など外力要素のnamelist指定をnml_force_dataブロックに統一しました
  • 旧形式の外力の場合、namelistやフォーシングファイルの変更が必要です (MXE/prep/convert/ver40to42/)

• 異常終了時にデッドロックにならないよう終了時処理を変更しました
• 異常値のチェック時に不定値を参照してたまに落ちる問題を修正
• ifort でコンパイルできない問題を修正
• 配列サイズの指定ミスを修正
• その他、コードのリファクタリング

結果は変わらない軽微な修正です。

• 配列添え字の記述のミスを修正
• BBL利用時に鉛直粘性による流速の時間変化項が出力できない問題を修正
• MPI_Abort の引数にエラーコードを加えるように修正
• nodemap のための前処理ツール mk_node_map.F90 を修正

• 粒子追跡法(北大松村氏作成)を実装しました
• 水平粘性・拡散係数の水平分布をファイルで与えられるようになりました
• モニター出力を加えました
  • CMIP6項目 (Table 2.10,11)
  • 渦度解析
  • 順圧モデルフォーシング項

• 順圧計算スキームの設定方法を変更しました
  • l_global_local_cnsv_ssh のデフォルト値を .true. に変更
  • 順圧タイムフィルタリングの非推奨な方法を削除
  • namelist の変更が必要な場合があります
• 海氷モデルのモニター出力指定方法が海洋モデルと共通になりました
  • ICE使用時にnamelist の変更が必要です
• BBLから内部への運動量移流に使う流速をトレーサー移流とコンシステントになるように変更しました
  • BBL使用時に結果が変わります
• 潮汐スキームのチューニングパラメータをnamelistで指定できるようにしました
  • TIDE使用時にnamelistの変更が必要です

• stream 型でファイルを開く場合のバグを修正
• ANALY がBBL なしの場合にコンパイルできない問題を修正
• オプションF2003時に構造体要素の配列をpointer からallocatable に変更
• 海面フォーシングの時刻管理を時間逆回しに対応させました
• デバッグモード時に潮汐のサブサイクル計算でも異常値チェックを行うように変更
• FX-100 コンパイルの最適化メッセージをファイルに出力するようにデフォルト設定を変更
• モニタリングに関する標準出力ログを簡潔にしました

• 潮汐の底摩擦と水平粘性のバグを修正しました
  • TIDE使用時に結果が変わります

• ヒストリー出力を拡充しました
  • CMIP6向けの追加 (Table 2.3, Priority 1,2)
  • Sigma-t 基準による混合層深度
• オフライン・ネスティング子モデル時に付加的に潮汐を導入できるようにしました
  • 計算順序の変更によりオフライン・ネスティングの場合に結果が変わります

• 新形式ヒストリー出力の operator 指定を sampling と operator に分割しました
  • モニター用namelistの変更が必要です
• モデルグリッド南西端の位置座標の計算方法をより簡潔に変更しました
  • 多くの場合に結果が変わります
• 鉛直拡散係数の背景値にデフォルト値が設定されました

• ICEオプションなしではANALYオプション時にコンパイルできない問題を修正しました
• ALANY ルーチンにおいてBBLの値が適切に反映されない問題を修正しました
• 正味海面熱フラックスについてモニターの間違いを修正しました
• オフライン・ネスティング子モデル+潮汐+global_local_cnsvオプション時に、側面の海面高度の更新が不十分だった問題を修正しました
• デバッグ用ルーチン grid_util_print_target_index の拡張
• margin.F90 のリファクタリング
• 1ファイルに複数変数を出力できるようにヒストリー出力モジュールを拡張

• ヒストリー出力の名前指定で大文字Zが小文字に変換されない問題を修正しました
• 東西分割なし・周期境界条件の場合にX点定義変数の袖領域が正しく埋められない問題を修正しました
• SPHERICALかつ可変格子のときにMPI分割によって結果が意図せず変わる問題を修正しました

• ヒストリー出力を拡充しました
  • CMIP6向けにヒストリー項目を追加 (Table 2.2, 2.5, 2.6, 2.7, 2.9)
  • 出力方法(operator)に水平積分、鉛直積分、体積積分を追加
• オフライン・トレーサー実験を拡充しました
  • 逆向きの時間積分
  • virtual tracerとIdeal age tracerで最大最小のリミッターの指定
• 双方向ネスティングがOFLTオプション、潮汐オプション時にも使用できるようになりました
• デバッグ用に、配列のある特定の要素の値を標準出力するサブルーチンを加えました

• 双方向ネスティングにおける海氷の処理を変更しました
  • 移流項では、モデル領域から出ていくフラックスを優先的に使う
  • 親子の側面境界で海氷温度に異常値を検出した場合に、海氷上面と下面の平均温度で置き換える
  • 双方向ネスティングとICEを併用していた場合、結果が変わります
• MPI2 指定時にリスタート入出力もMPI-IOを利用するように変更しました
• MPI-IOでファイル入出力時にエラーがあった場合に止まるように変更しました

• 多重ネスティング時にSOM移流スキームの変数交換にあった間違いを修正しました
• デバッグモード時にはオフライン・ネスティングとトレーサーナッジングの後に異常値チェックするように変更しました
• フォーシングの時刻指定に関してREADMEをより正確にしました
• サービスルーチンの拡張 (ogmpi.F90, ogfile.F90, namelist.F90)

• CMIP6に向けた機能、モニタリングが追加されました
  • FAFMIP/heatFAF 実験が実行可能になりました
  • CMIP6ヒストリー項目(Table 2.8)が追加されました
  • 体積積分モニタリングを行うツールが整備されました
  • 1次元ファイルでもNetCDF形式出力が可能になりました
• passive tracerの時間変化項をモニターできるようになりました

• dynamic heightだけを求める時にエラーとなる問題を修正しました
• TIDEかつ l_barotro_SM2005_weight =.true. で未定義値参照で落ちる問題を修正しました

• 海底熱フラックス供給深度を修正しました
• 4.0 の Makefile.in に間違いがありコンパイルに失敗する問題を修正しました
• オフライン・ネスティング子モデル時に global_local_cnsv_ssh が使えない問題を修正しました
• オフライン・ネスティング子モデルで海氷データの一部の取得に失敗する問題を修正しました
  • オフライン・ネスティングと海氷を用いていた場合、結果が変わります
• オフライン・ネスティング子モデルで側面境界値を入れるときに、陸グリッドも変えてしまっていた問題を修正しました
• ネスティング子モデルの南端格子のrarの計算(topo.F90)の配列インデックスの間違いを修正しました

• オプションMPI2時にMPI-IO出力が使用されます
• 相対風速を求める際の海流の寄与率をnamelistで指定できるようになりました
• デバッグモードでは順圧計算の各ステップで異常値チェックを行うようになりました

• 順圧計算の時間フィルターにShchepetkin and McWilliams (2005)をデフォルトで用いるように変更しました
  • namelistで使わないことを指定しないかぎり、結果が変わります
• SOM移流スキームをオンライン・ネスティングで使用する場合、トレーサー保存されるようになりました
  • 使用に必要な設定ファイル、及び結果が変わります
• モデル安定性のために海氷密接度の下限値を大きくしました
  • 海氷を用いていた場合、結果が変わります
• 風応力のヒストリー出力を新形式で指定できるようになりました
  • 旧形式でも従来どおり出力されます

• ヒストリーのkfirst/klast 指定と1ファイル複数レコード出力を併用した場合の問題を修正しました
• NETCDF関連オプション使用時のみ netcdf.F90 をコンパイルするように変更しました
• som_adv.F90 の advec_x でモーメントの格子間移動量の計算と加算のdo-loopを分離しました
• ice_mpdata.F90 でネスティングに係るフラックス調整部分を別サブルーチンにしました

• NetCDF4のデータ圧縮機能が使用可能になりました
• ヒストリー出力にファクターやオフセット等のオプションが追加されました

• SOM (Merryfield and Holloway, 2003) のリミッター使用時の通信頻度を削減
• 参照密度を独立の配列として確保し、再計算しないように変更
• SR16000 オプションを廃止

• SOMでフラックスリミッターが使えるようになりました
• パッシブトレーサーにSF6が追加されました
• 現場密度の時間変化項に対するモニターが追加されました

• 1-wayネスティング+海氷＋デバッグモードで未割り付けの配列を参照するバグを修正しました
• 整数Formatの桁数が省略されているとgfortranでコンパイルできないバグを修正しました
• PGIFortranでMPI2の場合にコンパイルできない問題を修正しました
• 別リポジトリで管理するためdocs/ にあるマニュアルを削除しました
• システムのendianを判定するサブルーチンを作成しました

• 気象庁システムでコンパイルできない問題を修正しました
• nml_nest_par で指定するロジカル変数のデフォルト値を修正しました

• 海氷モデルの双方向ネスティングが可能になりました
  • 親と子それぞれの主領域における海氷積分値がモニター可能です
• 新方式のヒストリー出力を拡充しました
  • オフライントレーサー(OFLT)ランを行うための基本的な物理量
  • 様々なトレーサー時間変化項
    • 層厚拡散、混合層渦パラメタリゼーション
    • 陰解法鉛直拡散
    • frazil ice生成
    • 海面フラックス
    • 海底熱源
    • ソルトプリューム
    • 短波放射吸収
    • body forcing
    • 水平拡散
    • 総トレーサー時間変化率

• two-way ネスティングにおけるデータの送信の順序を upscale, downscale に統一しました

• 未定義値に関連するいくつかのバグを修正しました
• 以下のリファクタリングを行いました
  • 海氷モデル
  • ネスティングの体積・トレーサーモニター

• 異常終了時に終了コード99が返るようにしました
• MRI-ESM のためにGONDOLA_100のconfigure.inをサンプルに追加しました

• Fox-Kemper and Ferrari (2008) の混合層渦パラメタリゼーションが使用可能になりました
• オンラインで等密度面解析を行うオプションを追加しました
• 以下を行う「デバッグモード」を追加しました
  • 実行サブルーチン名を逐次、標準出力する
  • 時間ステップごとにトレーサー値のチェック
  • オフライン・ネスティング使用時に側面境界で異常値のチェック
• オフライントレーサー機能を拡充しました
  • パッシブトレーサー以外のrestartを読み書きしないことで計算コストを低減
  • 海面フラックスに関する履歴の読み込みを減らす
  • 入力データーの時間補間をしないオプションの追加
  • パッシブトレーサーの数が0でも動作可能

• nodemap 利用時に体積・トレーサー保存の双方向ネスティング計算が破綻する不具合の修正
• l_hvisc_add_harmonic=.true.の場合に計算が破綻するバグを修正
• ipcoef.F90 + ネスティングにおける IO エラー判定用iiosの初期化漏れを修正
• MRI-ESM で海洋モデルが動作しない不具合の修正

• 海氷生産量のモニター機能が追加されました

• nonhydro で接続計算が破綻する問題を修正

ver.4.0.00 も同じです。

• cyclic 条件を持つモデルをネスティングの子モデルとして使うことが可能になりました
• オンライン・ネスティング使用時にも閏年ありのランが可能になりました
• l_sss_rst_cnsv 使用時(海面塩分リストア時に塩分を保存させる)において、MPI変更時にも結果を一致させるオプションを追加しました

• リスタート出力の陸グリッドの値を0.d0から-9.99d33と大きな値に変更しました
• オンライン・ネスティング時における淡水フラックスと塩分フラックス調節を（子モデル）＋（親モデル）で行うようにしました

• 3次元配列の「のりしろ」送信ルーチンの作成
• mpi_allreduce の mpi_sum における総和をシリアルに計算する機能を追加する

• 地熱の導入が可能になりました
• ヒストリー出力の領域指定が可能になりました
• 大気の物性に関して複数の経験式が用意されました

• 塩分が0近傍でも動作するように状態方程式を調整しました
  • 全ての場合で結果が変わります
• Large and Yeager のバルク係数に上限値を設けるように変更しました
  • BULKNCAR使用時に結果が変わります
• 順圧モデルのネスティング部分を軽くするように通信の処理を変更しました
  • オンライン・ネスティング時に結果が変わります

• nodemap (MPI分割で陸領域除外)を使った場合にモデルの結果が異なる問題を修正
• ipcoef.F90におけるプリプロセッサ命令のバグ修正
• 潮汐スキームにおいてダンピング係数の読み込みのバグ修正
• 潮汐スキームで nodemap が使えるように修正

• 等密度面拡散係数のテーパリングが可能になりました
• ヒストリー出力項目ごとにGrADS ctlファイルを作成するようになりました

• 等密度面拡散の使用時に、スキームによる鉛直拡散係数と背景鉛直拡散係数の大きい方を使っていたのを加算するように変更しました
  • ISOPYCNAL使用時に結果が変わります
• 順圧モデルのネスティング部分を軽くするように通信の処理を変更しました
  • オンライン・ネスティング時に結果が変わります

• オプションSIDYNなしで海氷モデルをコンパイルできない問題を修正
• オプションNETCDF未使用時にコンパイルできない問題を修正
• namelist.F90 でパラメータ値の表示に加えてMPI分配も行うように変更

• NetCDFでのヒストリー出力が可能になりました
• オプションWADJにおいてMPI変更時にも結果を一致させるオプションを追加しました

• FX100のコンパイルオプションを高速なものに変更しました(結果は変わらない)

• FX100でオフライン・ネスティング使用時にMPI並列数によって結果が変わる問題を修正
• オンライン・ネスティングとcnsv_sshを併用すると、MPIによって結果が変わる問題を修正
• set_wind_reduction_factor の標準出力をルートノードのみに制限する
• NAMELIST_SCUP をチェックするプログラムがコンパイルできない/意図通りに分岐されていない問題を修正
• nodemap.d を作るプログラムのバグ修正
• nodemap.d を使った場合にモデルが落ちる場合がある問題を修正
• メモリ節約のためvmnointpolで全体の二次元ごとに読み込むように変更

• 潮汐スキームを使用時にもオフライン・ネスティングが可能になりました
• 気象研FX-100でのコンパイルに対応しました

• HFLUXなしでWFLUXを使えるようにしました

• オンラインネスティングで潮汐が動かなかった問題を修正
• 傾圧ステップ毎の順圧流量送信(surface_nest__send_side_bcli_uv)における送信変数の間違えを修正
• オンライン・ネスティング時に、NAMELIST_SCUPの指定が不十分な場合は停止するように変更
• オフライン・ネスティングの子モデルで海氷用の境界値ファイルを閉じていなかったのを修正

• オンライン・ネスティングに新しいオプションを追加しました
  • 子⇒親の拡散フラックス渡し
  • トレーサー格子側面を境界とした子モデルの駆動
• 海氷とGLSスキームを使用時にもオフライン・ネスティングが可能になりました
• 東大Oakbridge-FXでのコンパイルに対応しました

• PPM の仕様を、長期ランを可能にするために変更しました
• GLSスキームのヒストリー出力のnamelist指定方法が変わりました
• 海面気圧のnamelist指定方法が変わりました

• オンラインネスティングモデル＋トライポーラーにおける、海面高度関連変数の「のりしろ」埋めの順序が間違っていたのを修正
• リファクタリング
  • 連続の式・自由表面の式・トレーサーの式において、フラックス計算と収束・発散の計算を分離する
  • 水平2次元配列を順圧モデルグリッドに配置するサブルーチンを用意する
  • 海氷モデルの履歴出力呼び出しを hist_ctl.F90 ではなく surfflux.F90 から行う

• ヒストリー出力を指定する新しいnamelistブロックが追加されました
  • ある変数に対して複数の種類のサンプリングが可能です

• NONHYDRO オプションでコンパイル/実行ができない問題を修正
• rdinit.F90 (レガシーコード)の削除

• free slip およびpartial slip 条件が可能になりました
• 閏年判定をnamelistで指定できるようになりました
• 海面外力の入力を１ファイル１要素で行うことが可能になりました

• 物理定数(水温0℃の絶対温度、海面大気密度)が修正されました
  • オプションによっては実験結果が変わります
• 海面フラックス計算用バルク式の仕様が変わりました
  • Large and Yeager (2004) のバルク式において、大気の密度を定数ではなく、その場の気象要素（気圧・気温・比湿）の関数とする(オプション BULKNCARのみ)
  • 今まで水蒸気の凝結・凝固を許していなかった（蒸発・昇華のみとしていた）が、許す

• ogfile_open, close で257文字以上のパスが考慮されていない問題を修正
• FX10 におけるコンパイルを可能にする/MPI数によらず計算結果を一致させる
• 移流スキーム upc に配列領域外参照がある問題を修正
• surfflux__oceanflux (surfflux.F90) における履歴出力の呼び出し(history__write_history)で実行時に落ちる場合がある問題を修正
• FUJITSU FX10用のコンパイラ指示行を加える
• PPM の高速化
• トレーサーの符号チェック、全領域積分量モニターをつける

• Makefile.in で force_data.o が force_data.F90 に依存する記述が抜けている問題を修正
• 移流スキーム quick に不定のまま使用される配列がある問題を修正

MRI.COM ver.3.3 を更新しました。

• gitタグ: MRICOM-3_3_19-20141002

バグ修正

• global_local_cnsv=.true. におけるoffline tracer の流速場が正しくない

内部の変更

• time__c2dt_secをループ外に出す
• history / restart の出力ルーチンで nstep を使うようにする

MRI.COM ver. 3.3が更新されました。

• タグ: MRICOM-3_3_18-20140901

更新には以下の内容が含まれます。

内部の変更

• src/machines/ (ビルド設定) に説明を加える
• JAMSTEC ICEXシステム向け環境設定の追加
• ogmpi__sum の拡張および ogmpi__max の作成
• nstep_matsuno_interval を返すfunctionを用意する

MRI.COM ver. 3.2, 3.3が更新されました。

• タグ: MRICOM-3_2_17-20140806
• タグ: MRICOM-3_3_17-20140806

更新には以下の内容が含まれます。

[3.2, 3.3共通]

バグ修正

• 鉛直拡散による塩分のtendencyが正しく出力されない(VVDIMP使用時)
• vvdimp でなく、vmbg3d である場合に、粘性拡散係数が正しく計算されない。

[3.3のみ]

バグ修正

• FSVISCオプションで水平粘性の鉛直積分が行われていない
• TRIPOLAR またはJOT格子においてl_sss_rst_cnsv=.true.の時に塩分リストア項の全球積分値が完全にゼロとなるようにする
• パッシブトレーサの緩和条件の配列の添え字に間違いがある。
• CALPP 時の層毎・領域全体の平均密度計算の MPI プロセス数依存を解消する
• CALPP オプションが正常に機能しない
• NEMUROがコンパイルできない

機能

• som_adv.F90 のモニターを全てのモーメントに拡張する

その他

• diagnosis__integ_3d (diagnosis.F90) の桁落ち誤差を低減する
• 積分タイムステップ管理変数を nstep に一本化する
• calendar.F90 が他モジュールに依存しないようにする
• Matsunoループ・カウンタ、診断ステップ間隔の情報をcalendar.F90から適切なモジュールに移す
• dtやmatsuno状態変数の保持を calendar から time へ移す

MRI.COM ver. 3.2, 3.3が更新されました。

• タグ: MRICOM-3_2_16-20140703
• タグ: MRICOM-3_3_16-20140703

更新には以下の内容が含まれます。

[3.2, 3.3共通]

バグ修正

• ppm_adv.F90 に配列定義外参照がある
• SOMにおいてモーメント合成時に用いられている係数の修正
• 浮力による乱流エネルギー生成・消滅の評価項の表現

[3.3のみ]

バグ修正

• ppm_adv.F90 の zstar への移行が完全ではない等
• ZSTAR オプションにおける深度アノマリの計算ミス
• cbnNPZD のzstar 対応が完全でない件
• モデルの海水＋海氷体積をモニターする部分(total_vol_sigma (oghist2.F90)) のZSTAR向け修正が欠落
• topo_vary.F90 に配列定義外参照がある

機能

• オフライン・ネスティングとオンライン・ネスティングを同時に使用できるようにする
• オフライン・ネスティング子モデルでパッシヴ・トレーサーを独自に流せるようにする
• 海面淡水フラックスに対する z* 座標系における扱いの適用
• z* 座標系の乱流混合モデルへの適用(仕様変更)
• z* 座標系のBBLスキームへの適用
• solarangle.F90 における入射短波の減衰率計算に zstar　座標用のものを加える
• Leap-frog スキームを解く際、海面淡水フラックスに伴う、熱・海水の出入りを前半・後半部分のものでシリアルに加算する(仕様変更)
• 水平フラックスを計算に乗じる断面積、鉛直粘性/拡散計算に使用する層厚の見直し(仕様変更)

その他

• NEMUROの鉄のパラメーター調節
• オフライン・ネスティング子モデルにおける順圧成分出力の見栄えを良くする
• namelist__print_blockに渡す変数iosに初期値を設定する
• SOMの高速化

MRI.COM ver. 3.3 が更新されました。

• タグ: MRICOM-3_3_15-20140602

更新には以下の内容が含まれます。

• ssh異常値による終了の際に、標準出力が全てファイルに書き出されるようにする
• l_global_local_cnsv_ssh = .true. の時、拡散フラックスのリスタートを読み込まなくても計算を開始できるようにする
• bottom friction の係数をnamelist 指定できるようにする。
• 標準出力 write(*,)と print *, をwrite(6,)に統一する
• 東大FX10用の設定ファイル作成
• 体積・層厚関連で重複している変数を一本化する
• 体積・層厚関連の旧変数を削除する
• isopycnal 関係のzstar対応
• cbnbio 関係のzstar 対応
• オフライン関係のzstar 対応
• ptrc のzstar 対応
• nonhydro および upc, utzq, quick の移流スキームのzstar 対応
• バグ修正: MLONLY オプションでコンパイル/実行ができない
• バグ修正: vvdimp.F90 体積変数のtypo
• バグ修正: offline nesting の親モデルがsr16000でコンパイルできない
• バグ修正: margin__lpmax_[2,3]d における処理を同じにする

MRI.COM ver. 3.2, 3.3 が更新されました。

• タグ: MRICOM-3_2_14-20140502　（3_2_12,13をとばします）
• タグ: MRICOM-3_3_14-20140502

更新には以下の内容が含まれます。

[共通]

• バグ修正：オフライン・ネスティング子モデル+Nohkimの時に、変数のノード分配忘れ
• バグ修正：オフライントレーサーで接続計算が一致しない場合がある。

[3.3]

• オフライントレーサーの計算でもglobalおよびlocalなトレーサーの保存を保証することができるようにする。
• 運動方程式における付加的水平粘性項のモニターを追加
• オフライン・ネスティングの子モデル時に2次元分割を可能にする
• オフライン・ネスティング・モジュール(src/sub/)のリファクタリング
• オフライン・ネスティングの入力インターフェースの変更
• オフライン・ネスティングの境界データを各パッケージごとに分ける
• バグ修正：Smagorinsky 粘性係数への下限値の設定が正しく行われていない

MRI.COM ver. 3.3 が更新されました。

• タグ: MRICOM-3_3_13-20140312

更新には以下の内容が含まれます。

• モニター、診断ルーチンの追加
• margin.F90 の Y方向通信のバグ修正
• 海面高度の最高・最低値の初期設定を修正
• 背景鉛直拡散係数としてゼロを指定可能に
• 鉛直座標zstarをメインフレームに導入する
• リスタートファイルのGrADs可視化ツール
• モニター、リスタートファイルの海陸マスクやのりしろ処理をスキップ可能に
• iomodule.F90 の機能を明確に
• margin.F90 への機能追加
• 海氷初期処理標準出力修正
• 水平一様成層を初期値とするための条件緩和
• ３次元流速場の更新をsurface_ctl.F90 からclinic_ctl.F90に移動
• 複数領域ネスティングの不具合解消
• ネスト子モデル→親モデルの置換におけるバグ修正
• Smagorinsky粘性における背景値設定を可能に
• ２次元分布する調和型粘性係数を追加可能に
• 大気との結合ランで受け取る海面境界条件データを追加
• 大気から海面気圧の陸上値も受け取る
• surffluxにおける海面緩和処理の整理

MRI.COM ver. 3.3 が更新されました。

• タグ: MRICOM-3_3_12-20140206

更新には以下の内容が含まれます。

• コンパイルオプション NESTONLINE, FEEDBACK 廃止
• オフライン・ネスティングのモジュール再構成
• オフライン・ネスティング親モデルの2次元分割を可能に
• リファクタリング：parent/ に構造体を導入し共通ルーチンをまとめる

MRI.COM ver. 3.[23]が更新されました。

• タグ: MRICOM-3_2_11-20140108　（3_2_10をとばします）
• タグ: MRICOM-3_3_11-20140108

更新には以下の内容が含まれます。

[共通]

• バグフィックス：配列定義外参照、変数の初期化
• 　〃　： nest_scup の初期設定でデッドロックとなりうる

[3.3]

• 海氷厚さカテゴリの数をconfigure.inで指定
• cgcm_scup ディレクトリを vpath でサーチ
• サブルーチン名の短縮
• Intel Fortran コンパイラー(ifort)を使用可能に
• gfortran によるコンパイル＆実行を可能に
• 1000以上のMPI並列数でも動作するように
• オンライン・ネスティング動作時に1つのサブモデルが止まれば全モデルが止まるように
• バグフィックス： offline nesting + SOM でコンパイルできない

MRI.COM ver. 3.[23]が更新されました。

• タグ: MRICOM-3_2_09-20131211
• タグ: MRICOM-3_3_10-20131211

更新には以下の内容が含まれます。

[共通]

• カレンダ―のモニターのタイミング修正
• 最大・最小値モニターの修正

[3.3]

• 格子情報等の入力を分かりやすくする
• 気象研外部でのコンパイルのために configure を整理する
• 新しい海面高度計算に関するバグ修正
• namelist読み込みチェックのエラーメッセージ修正
• MPI分割数により結果が一致しない場合の警告表示
• トレーサの初期設定、緩和に関する namelist の整理・統合
• namelist の名前変更（nml_*）
• ディレクトリ構成の見直し
• force_data.F90 周辺のバグ修正
• README の修正
• マニュアル第６章の改訂