MRI.COM

目次

標準実験のチュートリアル

とりあえずデフォルト設定で動かす手順です。

1. 実験環境の用意

1.1 パッケージの展開

提供物と取得方法を参照し、実験環境一式のパッケージをgitで取得する。

以下、展開して現れるディレクトリ rectangle-ksakamot/ を$HOMEと表記する。

1.2 入力データの展開

実験入力データ一式をGitHub (仮置き場)から取得する。1) 気象研内では不要。

> wget https://github.com/mokkei1978/rectangle_data/archive/master.zip; unzip master.zip

入力データ・ファイルは全て Big Endian である。2)

1.3 シンボリック・リンクの作成

以下のシンボリック・リンクを作る。

リンクリンク先
$HOME/linkdir/data入力データを展開して現れるrectangle_dataディレクトリ
$HOME/linkdir/result入出力ファイル用のディレクトリ(どこでも良い)。以降、絶対パスを$RESULTと表記
$HOME/exp/result-main$RESULT/result-main(作る)
$HOME/exp/result-sub$RESULT/result-sub(ネスト子モデル用、必要であれば作る)
$HOME/exp/result-bay$RESULT/result-bay(ネスト孫モデル用、必要であれば作る)

(気象研内では ./Setup.shを使えば自動で設定。)

2. MRI.COMのコンパイル

マシン環境を設定したあとにMRI.COMをコンパイルする。

以下、全て $HOME/exp/run/ で作業する。

2.1 マシン環境の設定

気象研内のサーバーでは設定を行うシェル・スクリプトが用意されている。

> sh setup.sh

気象研外では、マシン環境の設定を行う。

2.2 実験オプションの設定

必要であれば、実験オプションを設定する。

> sh change_option.sh [引数]

引数なしだと設定可能なオプション名のリストが出力される。

2.3 コンパイル

> sh compile.sh

3. プログラムの実行

3.1 初期値データの用意

> sh link_restart.sh

3.2 実行の準備

> sh run_pre.sh

3.3 プログラムの実行

> sh run.sh

(実行モジュール ogcm を直接に実行しても良い。)

4. 実験結果の確認と後処理

4.1 リスタートファイルとヒストリーファイル

$HOME/exp/result-main/ にプレフィックス「rs_」のリスタートファイルと、「hs_」のヒストリーファイルが出力されたことを確認する。grads controlファイルも作成される。

4.2 解の簡単な確認

標準出力ログファイル「OGCM-19010101-stdout.0000」中の「zos (#snap,area_average#)」項目(領域平均した海面高度)の値を確認する。

% grep "zos (#snap" OGCM-19010101-stdout.0000

値がほぼゼロであれば良い(体積保存)。

4.3 ファイルの移動

出力データとログファイルを $HOME/linkdir/result/finish/ に移す。clean.sh で掃除する。

> cd $HOME/exp/run
> sh move_result.sh
> sh clean.sh
1)
「Clone or download」→「Download ZIP」でも良い。
2)
データ読み込み事のユニット(open 文内でreclで指定されるフォーマットデータ長の値の単位)が1バイトであることを前提にしている。コンパイルオプションや、実行シェル・スクリプト内での環境変数の設定などが必要になる場合がある。